특수관계법인 주식 보유 공익법인, 올해부터 국세청에 매년 신고해야

사회복지법인, 의료법인, 기부금을 받는 공익단체 등 공익법인에 대한 계열기업 지배 및 편법 상속·증여 등을 근절하기 위해 사후관리가 강화된다.
국세청(청장 김대지)은 세법 개정에 따라 일정 수준 이상 특수관계 법인의 주식을 보유하고 있는 공익법인에게 올해부터 적용되는 주식보유 관련 의무이행 신고제를 17일 공개했다.
주요 세법개정 내용을 살펴보면 기존 성실공익법인 확인제에서 매년 지방국세청장에 관련 요건 충족여부를 신고하는 의무신고제로 전환, 운용소득 공익목적 사용의무 강화, 출연재산가액 산정방식 합리화, 주기적 감사인 지정제도 도입 등을 담고 있다.
먼저, 주식을 일정 수준 이상 보유하고 있는 공익법인은 올해부터 매년 관련 요건 충족 여부를 관할 지방국세청장에게 신고해야 한다. 기존에는 5년마다 국세청이 성실공익법인 요건을 확인했으나, 앞으로는 공익법인이 직접 관련 요건 충족여부를 국세청에 증명해야 한다.

신고 대상은 동일 내국법인 발행주식총수의 5%를 초과 출연받거나 취득 또는 총재산가액의 30%(외부회계감사, 전용계좌 개설 및 사용, 결산서류 공시의무 이행시 50%)를 초과하여 특수관계있는 법인의 주식을 보유한 공익법인 등이다.
신고요건은 ▲운용소득 1년내 80% 이상 사용 ▲자기내부거래 금지 ▲출연자·특수관계인 이사 취임 금지 ▲정당한 대가없이 특수관계 법인을 광고·홍보 금지 ▲외부회계감사의무 ▲전용계좌 개설·사용 ▲결산서류 공시 ▲장부 작성·비치이다. 올해부터는 공익법인의 공익활동 강화를 촉진하기 위해 출연재산가액의 1% 상당액 이상을 사용할 의무가 추가됐다. 주식 5% 초과보유 공익법인이 출연재산의 1% 미달 사용시에는 증여세가 추가 과세된다.
만약 신고요건을 충족하지 못하면 주식 5% 초과 보유에 대한 증여세, 총재산가액 30% 초과 보유시 가산세가 부과된다. 또한 올해부터는 미신고시 자산총액의 0.5%가 가산세로 부과된다.
요건 가운데 외부회계감사의무, 전용계좌 개설·사용, 결산서류 공시, 장부 작성·비치는 주식보유관련 의무이행 요건은 아니지만, 공익유형 및 규모와 관계없이 이행해야 한다. 미이행할 경우에도 가산세가 부과된다.
이와 같은 요건을 충족한 공익법인에 대해서는 주식보유 한도를 늘려준다. 동일기업 주식의 경우 요건 미충족 시 보유 가능 지분율이 5%까지 이지만 충족하면 한도가 10%로 확대된다. 의결권 미행사를 정관에 규정한 자선·장학·사회복지 목적 법인의 경우 요건 충족시 20%로 상향 조정된다. 계열기업 주식은 총재산가액의 30%에서 요건 충족 시 제한이 없다.
또한 모든 공익법인은 운용소득을 그 소득이 발생한 사업연도 종료일부터 1년 이내에 80%를 공익목적사업에 사용해야 한다. 기존에는 일반공익법인의 경우 운용소득의 70%를, 성실공익법인의 경우 80%를 사용해야 했다. 올해부터는 운용소득에 대한 공익목적 사용의무 강화를 위해 모든 공익법인이 80%를 사용해야 한다.
자산규모 1000억원 이상 공익법인은 올해부터 감사인도 지정해야 한다. 공익법인은 4개 연도 감사인을 자유선임한 후 2개 연도에 대해서는 기획재정부장관이 감사인을 지정한다.
공익목적 의무지출 관련 출연재산가액 산정방식도 합리화한다. 총자산가액 중 공익법인 3년 이상 보유한 상장주식가액은 기존에 직전 사업연도 종료일 기준 재무상태표 상 자산가액을 기준으로 했으나 앞으로는 직전 3개년도 자산가액 평균으로 산정된다.

공익법인이 출연받은 임야를 장기간 임의로 방치하여 3년 이내 공익목적사업 사용의무 위반

◆ 불성실 혐의 공익법인 검증 강화

자산·수입 규모가 크고 불성실 혐의가 있는 공익법인에 대해서는 지방청 공익법인 전담팀이 철저히 검증에 나선다.
실제 사단법인 A는 출연받은 임야 2필지 중 1필지만 건축허가를 받아 착공하고, 다른 1필지는 특별한 사유없이 출연받은 후 3년이 경과할 때까지 임야상태로 방치하다가 국세청에 적발됐다. 국세청은 상속세 및 증여세법 제48조 등에 따라 A가 출연받은 재산을 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 않아 증여세 수억원을 추징했다.
공익법인 B는 출연자 소유의 회사 계열사 임원으로 퇴직 후 5년이 경과하지 않은 특수관계인 김 모씨를 직원으로 채용하는 한편, 계열사 임원 이 모씨를 공익법인 임원으로 앉혀 겸직하도록 한 것이 세무당국에 포착됐다. 국세청은 상속세 및 증여세법 제48조, 제78조 등에 따라 특수관계 임직원에게 지급한 급여 등 직·간접경비 전액에 대해 가산세 수십억원을 추징했다.
국세청 관계자는 "전산분석을 통하여 탈루혐의 항목 위주로 사후관리를 실시하고 있다"면서 "검증과정에서 탈루혐의가 큰 경우에는 세무조사를 실시하여 탈법행위를 차단할 계획"이라고 밝혔다.

공익법인이 출연자의 특수관계인을 임직원으로 채용하고, 특수관계 임직원에게 급여 등 직간접경비 지출

◆ 올해부터 출연재산 보고서 등 제출기한 3월에서 4월로 1개월 연장

국세청은 공익법인의 의무이행 부담을 완화하기 위해 올해부터 3월말인 출연재산 보고서 등의 제출기한을 4월 말로 1개월 연장한다. 올해는 4월 30일이 휴일인 점을 감안해 5월 2일까지 종교단체를 제외한 공익법인은 관련 자료를 세무서에 제출하고, 결산서류 등을 홈택스에 공시하면 된다. 2021년도 총자산가액이 5억원 미만이고 수입금액과 출연재산가액의 합계가 3억원 미만인 공익법인은 간편서식으로 공시 가능하다.
또한 공익법인이 출연재산 보고서 제출, 결산서류 공시, 의무이행 여부 보고, 기부금 모금·활용실적 공개 등 각종 신고를 편리하게 할 수 있도록 맞춤형으로 안내해주는 '홈택스 내비게이션'을 도입하고, 홈택스 작성 화면마다 '작성 요령과 사례'를 바로 확인할 수 있는 도움말을 제공한다. 공익법인 회계실무자를 대상으로 온라인 세법교실도 개설해 세법상 의무사항과 서식 작성방법 등을 상세히 안내할 예정이다. 1차교육(4월1일) 접수는 이달 21일부터 30일까지, 2차교육(4월8일) 접수는 다음달 1일부터 6일까지 받는다.
국세청 관계자는 "미이행시 공익법인 지정이 취소되거나 불성실 공익법인으로 명단이 공개될 수 있으니 유의해야 한다"면서 "앞으로 국세청은 불성실 혐의 공익법인의 의무사항 준수 여부를 철저히 검증하는 한편, 세법상 의무를 성실히 이행하는 공익법인에 대해서는 지원을 확대해 나가겠다"고 밝혔다.
[안병준 기자]